神圣罗马帝国
在这段时间,如同欧洲其他地方,亚尔萨斯被教会和世俗封建贵族所瓜分。12到13世纪,亚尔萨斯在霍亨斯陶芬王朝统治下极为繁荣。腓特烈一世在亚尔萨斯设“省”(procuratio,非现在一般所称的“省”),由非贵族阶级的公职人员 ministeriales 所管辖。此举是为了让当地更易控制,避免他们脱离帝国的控制。“省”拥有一个省级法院(Landgericht),行政机关设在阿格诺(Haguenau)。腓特烈二世委任史特拉斯堡主教负责管理亚尔萨斯,但其权责遭到继承腓特烈二世之子康拉德四世权力的哈布斯堡鲁道夫伯爵的质疑。史特拉斯堡逐渐发展,成为该地区人口最稠密且重要的商业城镇。1262年,在经历与主教的长期斗争之后,史特拉斯堡获得了帝国自由城市的地位。史特拉斯堡身为巴黎-维也纳-东洋贸易路线的中继站,以及连结南德、瑞士、荷兰、英格兰、斯堪地纳维亚的莱茵河航线中的一个港口,逐渐成为该地区的政治与经济中心。科尔马和阿格诺等城市的经济重要性也逐渐上升,并组成“十城联盟”(Décapole)。 亚尔萨斯的繁荣在14世纪一连串严冬、歉收和黑死病的侵袭下结束。这些天灾被归咎于是犹太人所引起,因此导致1336年和1339年的大屠杀。另一个天灾是1356年的大地震,不仅是欧洲史上最大的地震之一,也让巴塞尔成为废墟。亚尔萨斯直到文艺复兴时期,在哈布斯堡王朝的统治之下才逐渐恢复繁荣。
史特拉斯堡的小法国区在意大利地区快速发展而富庶之时,德意志的中央实权开始衰退,将欧洲的霸权地位让给实施中央集权已久的法国。法国开始积极向东发展,当扩展至隆河和默兹河后,法国将目光放在莱茵河。1299年,法国提议法兰西腓力四世妹妹与德意志阿尔布雷希特一世之子的婚姻联盟,亚尔萨斯则成为给女方的礼物。然而,这交易未能成功。1307年,贝尔福获得蒙贝利亚尔伯爵的特许。下个世纪,法国因百年战争而衰落,暂时停止向东发展。战争结束后,法国再度将目标转至莱茵河。1444年,法军进入洛林和亚尔萨斯。法军在此建立冬季军营,要求梅斯和史特拉斯堡投降,并进攻巴塞尔。
1469年,随着圣奥梅尔条约(Treaty of St. Omer)的签订,奥地利大公西吉斯蒙德将上亚尔萨斯卖给大胆的查理换取金钱。虽然查理是名义上的主人,但该地的税收却是缴给神圣罗马帝国腓特烈三世。1477年,腓特烈三世靠其王朝婚姻的优势夺回上亚尔萨斯的控制权(自由城市除外,但仍包括贝尔福),成为哈布斯堡家族的领地。米卢斯在1515年加入瑞士邦联,一直到1798年为止。
因为战争造成大量人口伤亡(主要在乡间地区),自1648年至18世纪中期,大量移民前往瑞士、德国、奥地利、洛林、萨伏依和其他地区。1671-1711年,瑞士(特别是伯恩)再洗礼派难民涌入亚尔萨斯。史特拉斯堡成为早期再洗礼派运动的主要中心。
1679年的奈梅亨条约(Treaties of Nijmegen)巩固了法国的控制权。法国在1681年占领史特拉斯堡,1688年开始,法军因“Brûlez le Palatinat!”政策开始入侵南德。1697年结束大同盟战争的里斯维克条约(Treaty of Ryswick)再度巩固这次的领土变更。然而,亚尔萨斯在法国是个特别的存在。当地政府、学校、教育依然使用德文,德国(路德教派)的史特拉斯堡大学持续接收德国学生。禁止法国新教的枫丹白露敕令不在亚尔萨斯实行。虽然法国政府大力宣扬天主教,并在1681年要求路德教派的史特拉斯堡座堂必须交给天主教,但亚尔萨斯与法国其他地区不同的是,当地对于宗教较为宽容。亚尔萨斯有孚日山脉作为与法国的界线,但是与德国并没有类似的天然界线。因此,亚尔萨斯在法国大革命以前,一直保留德国文化,经济上也较依赖德国。
法国大革命
1789年法国大革命,亚尔萨斯被分为上莱茵省和下莱茵省。亚尔萨斯人在法国大革命期间十分活跃。1789年7月21日,在接获攻占巴士底监狱的消息后,当地群众攻占史特拉斯堡市政厅,市府官员逃离,结束亚尔萨斯的封建制度。1792年,德利斯勒在史特拉斯堡创作出革命进行曲《马赛曲》,之后成为法国国歌。一些法国大革命中知名的将领是来自亚尔萨斯,像是在瓦尔美战役(Battle of Valmy)中获胜的克勒曼(François Christophe Kellermann),和在旺代战争中(War in the Vendée)领导法兰西共和国军队的克莱贝尔(Jean Baptiste Kléber)。